1781 entwarf der Architekt und Hofstatuarius Wilhelm Bayer einen Plan zur Regulierung des Wienflusses, er wurde ebenso wie ein bereits 1713 erstelltes Projekt von Adam Gussmann, nie ausgeführt.

1782 wurden lediglich im Rayon der Stadt die Ufer des Wienflusses mit Weiden und Akazien bepflanzt, und man ließ durch Sträflinge ein tieferes, ordentliches Flussbett graben. Als man sich auch von militärischer Seite für das Regulierungsproblem zu interessieren begann, entwarf Oberst Brequin einen entsprechenden Plan.

Anfang des 19. Jahrhunderts begann man sich ernstlich mit der Regulierung zu befassen: 1814 wurde sie beschlossen, allerdings nur für den Flusslauf innerhalb der "Linien", 1817 waren die Arbeiten zwischen Schönbrunn und dem Stubentor beendet. 1830/31 wurde der Cholerakanal gebaut; 1832 wurde für die heutige Einmündung des Wienflusses in den Donaukanal ein neues Bett gegraben.

Die eigentliche Regulierung und partielle Überwölbung des Flusses auf der 17 km langen Strecke von Weidlingau bis zur Einmündung wurde erst gemeinsam mit dem Bau der Stadtbahn 1895 in Angriff genommen. Zur Durchführung gelangte der Plan des Wiener Stadtbauamtes aus dem Jahr 1891, der für die "Commission für Verkehrsanlagen" ausgearbeitet wurde, die die Aufgabe hatte, alle Bauvorhaben zu koordinieren.